Borgerkrigen og dens efterspil
Under krigen var Kentucky en delt stat. Officielt havde den forsøgt at undgå krig ved at fortsætte Clays tradition for kompromis (som Clay igen udøvede ved sin medvirken i Kompromiset af 1850). Men da krigen først brød ud, kæmpede omkring 76.000 soldater, hvoraf ca. 15.000 var sorte, for Unionens hære i nord, og omkring 34.000 kæmpede for Sydstaternes konføderation – selv om den folkelige stemning efter krigen blev stærkt sydstatstroende. Kentucky blev invaderet af både Unionens og Konføderationens styrker. Efter den konfødererede general Braxton Braggs nederlag ved Perryville den 8. oktober 1862 bestod den eneste militære aktion i staten af udbredt guerillakrig.
Library of Congress, Washington, D.C.
Krigsperioden medførte vidtrækkende ændringer i Kentucky. Slaver blev frigivne, og det, der havde været et slaveproblem, blev et racemæssigt problem. Sydstaternes marked var gået konkurs, og Kentucky var nu tvunget til at konkurrere med nordstaterne om den handel, der var tilbage. (Ved borgerkrigens afslutning stod det meste af Kentuckys uberørte træbevoksninger stadig på jorden, og kun en lille del af dets mineralressourcer var blevet udnyttet). Desuden lå Kentucky ikke længere i migrationens vej, men blev omgået, da bosættere flyttede ud over Mississippi-floden.
En række sociale og socioøkonomiske konflikter opildnede staten i de sidste årtier af det 19. århundrede. Selv om Ku Klux Klan, en hvid-supremacistisk hadorganisation, dyrkede frygt og fjendtlighed, fik de frigivne slaver stemmeret, og de fleste bosatte sig som forpagtere eller byarbejdere. Sorte Kentuckianere skulle dog ikke blive førsteklasses borgere. Segregation var normen, og der opstod talrige samfund udelukkende bestående af sorte. I mellemtiden voksede Lexington og byerne ved Ohio-floden – Louisville, Owensboro, Paducah og Covington – hurtigt, hvilket i sidste ende gav næring til, at de mere landlige områder blev inddraget i periodens populistiske landbrugspolitik. Krig mellem tobaksavlere og tobaksfonde førte til en æra med ladeafbrændinger og lignende forsøg på at holde tobakspriserne oppe. I perioden 1865-1910 skadede vendettaer i Appalacherne Kentuckys image. Blandt de mest berømte af disse konflikter var fejden mellem Hatfield- og McCoy-familierne. Som historikeren Thomas D. Clark opsummerede det i The Kentucky Encyclopedia (1992): “Kentucky i 1900 var indbegrebet af forholdene i en intensivt landlig agrarstat med en udpræget regional tankegang.”