Förteckning över kemiska föreningar i kaffe
Det finns ett stort antal sätt att organisera kaffets föreningar. De viktigaste texterna på området sorterar på olika sätt efter effekter på smak, fysiologi, effekter före och efter rostning, effekter av odling och bearbetning, skillnader mellan botaniska sorter, skillnader mellan ursprungsländer och många andra. Interaktioner mellan kemiska föreningar är också ett vanligt område för taxonomi, liksom de viktigaste kategorierna inom organisk kemi (protein, kolhydrater, lipider osv.) som är relevanta för området. Bara när det gäller arom och smak ger Flament en förteckning över 300 kemikalier som bidrar till aromer i gröna bönor, och över 850 efter rostning. Han listar 16 huvudkategorier för att täcka de föreningar som är relaterade till arom och smak.
Den kemiska komplexiteten hos kaffe håller på att växa fram, särskilt på grund av observerade fysiologiska effekter som inte bara kan relateras till förekomsten av koffein. Dessutom innehåller kaffe en exceptionellt stor mängd antioxidanter som klorogensyror, hydroxycinnaminsyror, koffein och Maillardreaktionsprodukter, t.ex. melanoidiner. Kemiska grupper som alkaloider och koffeoylkinesyror är vanliga insekticider och deras effekter på kaffets kvalitet och smak har undersökts i de flesta studier. Även om hälsoeffekter förvisso är en giltig taxonomisk kategori, har mindre än 30 av de över 1 000 föreningarna varit föremål för jurybedömd, hälsorelaterad forskning (t.ex. officiell klassificering som potentiellt cancerframkallande – se t.ex. furaner), så hälsokategorisering har undvikits.
Å andra sidan är fysiologiska effekter väldokumenterade för vissa (t.ex. stimulerande effekter av koffein), och dessa listas där de är relevanta och väldokumenterade. Internetpåståenden om enskilda kemikalier, eller sammansatta synergieffekter, t.ex. förebyggande av hål i tänderna (spekulativ men obevisad effekt av alkaloiden trigonellin med forskning om bakterieinfästning in vitro, men som saknar forskning in vivo om eventuella hälsoeffekter), förebyggande av njursten, eller negativa effekter, har också undvikits.