Diagnostic de C. diff versus détection : Pourquoi les tests restent ambigus
Clostridioides difficile est la cause la plus fréquente de diarrhée infectieuse dans les établissements de santé, et les données du système de surveillance du programme des infections émergentes des CDC en 2011 estiment qu’il a causé près d’un demi-million d’infections et 29 000 décès dans les 30 jours suivant le diagnostic. Il existe une multitude de tests disponibles pour le diagnostic de l’infection à Clostridioides difficile (ICD) – détectant l’acide nucléique, l’enzyme et/ou les toxines spécifiques de C. difficile, selon diverses combinaisons et algorithmes – et cela a entraîné une confusion importante concernant l’interprétation clinique et la distinction entre colonisation et véritable infection.
L’Infectious Diseases Society of America (IDSA) a récemment publié des directives de pratique clinique actualisées sur l’ICD, y compris des recommandations pour les tests. Ces recommandations indiquent que la population privilégiée pour le dépistage de l’ICD comprend les patients présentant une diarrhée inexpliquée et d’apparition récente consistant en ≥3 selles non formées en 24 heures. Pour les établissements dans lesquels il n’existe pas de critères institutionnels préétablis pour la soumission des selles des patients, la méthode la plus performante déterminée par les valeurs prédictives positives et négatives était un test de toxines dans les selles dans le cadre d’un algorithme en 2 ou 3 étapes plutôt qu’un test d’amplification de l’acide nucléique (TAAN) seul. Ils citent 2 méthodes courantes : 1) l’utilisation de tests de glutamate déshydrogénase plus toxine arbitrés par un test d’amplification de l’acide nucléique (TAAN) ou 2) un TAAN plus un test de toxine. Cette recommandation est toutefois jugée « faible » et la qualité des preuves, « faible ». Le groupe d’experts souligne qu’en fait, la méthode de diagnostic la plus sensible est un TAAN seul ou un algorithme à plusieurs étapes, qui devrait être utilisé lorsqu’il existe des critères institutionnels convenus à l’avance pour la présentation des selles.
Ces recommandations reflètent l’absence permanente de consensus concernant les stratégies optimales de diagnostic de l’ICD. Les recommandations varient encore plus si l’on considère celles provenant de l’extérieur des États-Unis : Les directives européennes donnent la priorité à la détection des toxines et accordent moins d’importance au TAAN ou aux algorithmes à plusieurs étapes.
Stratégies diagnostiques et limites
Détection des toxines et culture : Historiquement, la norme d’or du laboratoire a été la culture toxigène où C. difficile est cultivé à partir des selles et les isolats sont testés pour leur capacité à produire une toxine ; les filtrats de selles peuvent également être testés directement pour la toxine via un test de cytotoxicité cellulaire (CCNA) comme méthode de référence alternative. Ces méthodes prennent plusieurs jours et ne sont donc pas adaptées aux tests de routine en laboratoire. Une vaste étude britannique a comparé la culture toxinique avec le test de cytotoxicité sur plus de 12 000 spécimens et a corrélé les résultats avec les données cliniques. Ils ont constaté que les résultats positifs des tests de cytotoxicité étaient corrélés à une mortalité accrue, mais pas les cultures toxigènes positives avec des tests de toxicité négatifs, ce qui implique que la détection de la toxine est essentielle au diagnostic clinique de l’ICD. La détection de la toxine par des tests immuno-enzymatiques (EIA) qualitatifs était autrefois un pilier du diagnostic, mais ces tests ont une sensibilité très limitée par rapport à la culture toxinique (52-75 %), bien qu’ils aient une spécificité plus élevée (96-98 %) par rapport à la culture. Il existe une variété d’options de laboratoires commerciaux disponibles pour le test de l’ICD qui sont bien décrites dans des revues récentes.
Détection de la glutamate déshydrogénase : Les immunodosages de la glutamate déshydrogénase (GDH) et d’autres tests moléculaires ont évolué afin de remédier à la faible sensibilité des EIA de toxines. Les tests immunologiques GDH détectent l’enzyme métabolique hautement conservée présente dans tous les isolats de C. difficile. Cependant, cet antigène est présent à la fois dans les souches toxinogènes et non toxinogènes de C. difficile et, par conséquent, le test GDH ne peut être qu’une étape de dépistage dans un algorithme à 2 ou 3 étapes avant un test de toxine plus spécifique et/ou un test moléculaire pour la détection du gène de la toxine.
TAN : Bien que les TAAN aient été utilisés dans des contextes de recherche depuis le début des années 1990, la première plateforme approuvée par la Food and Drug Administration américaine n’a pas été disponible avant 2009. Il existe actuellement au moins 12 plateformes commerciales qui détectent des cibles génétiques, notamment le tcdA (gène de la toxine A), le tcdB (gène de la toxine B) et l’ARN ribosomique (ARNr) 16S. Ces tests sont plus sensibles que les EIA de toxine et éventuellement les EIA de GDH, mais moins sensibles que la culture toxigène.
Test multi-étapes basé sur un algorithme et détection ultrasensible de la toxine : La complexité du monde des tests de l’ICD est encore compliquée par des données contradictoires sur la meilleure approche algorithmique du diagnostic. Dans le cadre d’une étude de cohorte prospective monocentrique, des scientifiques ont comparé la nécessité d’un traitement et l’histoire naturelle des patients qui étaient toxine-EIA-positive/PCR positive (131 patients) avec des patients toxine-EIA-négative/PCR positive (162) et des patients toxine-EIA-négative/PCR négative (1123). Ils ont constaté que les patients toxino-positifs/PCR-positifs présentaient davantage de diarrhées et de complications liées à l’ICD, tandis que les groupes de patients toxino-négatifs/PCR-positifs et toxino-négatifs/PCR-négatifs présentaient des taux similaires de complications gastro-intestinales les uns par rapport aux autres (7,6 % vs. 0 % vs. 0,3 % ; p <0,001). On a dénombré 11 décès liés à l’ICD dans le groupe toxine-positif/PCR-positif, un décès dans la cohorte toxine-négatif/PCR-positif et aucun décès dans le groupe toxine-négatif/PCR-négatif. Les chercheurs ont donc conclu que la recherche de toxines seule peut être suffisante pour le diagnostic de l’ICD et que l’utilisation des tests NAAT seuls peut conduire à un surdiagnostic et à un surtraitement. Néanmoins, les tests NAAT et l’identification du portage asymptomatique sont pertinents pour le contrôle des infections et l’épidémiologie.
En résumé, la détection ultrasensible de la toxine ne semble pas être la réponse du Saint Graal pour savoir comment diagnostiquer plus efficacement l’ICD et distinguer la maladie de la colonisation. Les résultats surprenants de cette étude soulèvent la question centrale de savoir pourquoi les patients présentant des niveaux élevés de toxine dans leurs selles peuvent être asymptomatiques et, au contraire, les patients présentant des niveaux très faibles de toxine peuvent être symptomatiques. Certains experts émettent l’hypothèse que des facteurs liés à l’hôte, tels que les anticorps anti-toxines, peuvent expliquer pourquoi des patients peuvent être asymptomatiques malgré la présence de toxines de C. difficile dans leurs selles. Il se peut qu’un test qui détecte de tels anticorps ou d’autres biomarqueurs de l’hôte, en plus de la détection de l’agent pathogène, soit nécessaire pour améliorer le diagnostic de l’ICD. Alors que nous attendons avec impatience de nouvelles recherches sur le diagnostic de l’ICD, nous restons dans un domaine familier de la médecine clinique où les tests fournissent des preuves de soutien mais non définitives d’un diagnostic, et nous devons être conscients de leurs limites inhérentes.
Ce qui précède représente les opinions de l’auteur et ne reflète pas nécessairement l’opinion de l’American Society for Microbiology.