FastA Format

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FastA Format

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FastAフォーマットは配列を報告するための最も基本的なフォーマットで、ほぼすべての配列解析プログラムで受け入れられています。 配列名、配列の説明（メタデータ、シーケンサー情報、注釈など）、配列そのものが含まれているだけで、フォーマットに沿っていれば、核酸でもアミノ酸でも構いません。

各配列は少なくとも2行で構成されています。

1. 1行目は配列ヘッダーで、常に ‘>’
   • から最初の空白文字までが配列識別子とみなされます。 それ以降は配列の説明となります（メタデータ、マシンシリアル番号、読み取り方向など）
2. 配列自体
   • 配列の長さによっては、複数の行にまたがることがあることに注意してください

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FastAフォーマットを使用するソフトウェア

このワークショップを通してほとんどの場合、参照シーケンスを使う際にこのフォーマットを目にします。 BlastのようなDBクエリーツールや、マルチプルシーケンスアライメントアルゴリズムは、FastAフォーマットしか受け付けません。 また、参照ゲノムをダウンロードする際にも、このフォーマットで提供されます。